行政手続法2条5号の「行政機関」とは、次の機関をいいます。
- 国の行政機関
- 地方公共団体の機関。ただし、議会を除く
行政機関は、行政手続法上の処分、行政指導、届出、命令等に関わる機関です。
国の行政機関に含まれる機関
国の行政機関には、次の機関が含まれます。
- 法律の規定に基づき内閣に置かれる機関、または内閣の所轄の下に置かれる機関（内閣府、復興庁、人事院など）
- 宮内庁
- 内閣府設置法に規定する外局（公正取引委員会、国家公安委員会、個人情報保護委員会、カジノ管理委員会、金融庁、消費者庁、こども家庭庁）
- 国家行政組織法に規定する外局（省、委員会、庁）
- 会計検査院
- これらに置かれる機関
- これらの機関の職員であって、法律上独立に権限を行使することを認められた職員
したがって、行政手続法上の行政機関には、国の省庁だけでなく、会計検査院や、法律上独立して権限を行使することを認められた職員も含まれます。
地方公共団体の機関も行政機関に含まれる
地方公共団体の機関も、行政手続法上の行政機関です。ただし、地方公共団体の議会は行政機関から除かれます。
地方公共団体の機関に対する行政手続法の適用
地方自治の本旨を尊重するため、地方公共団体の機関が行う次の事項については、行政手続法の第1章の総則と第7章の補則のみが適用されます（3条3項）。
- その根拠となる規定が条例または規則に置かれている処分
- 通知の根拠となる規定が条例または規則に置かれている届出
- 行政指導
- 命令等を定める行為
つまり、「処分」と「届出」は、その根拠となる規定が条例または規則に置かれているものが適用除外となります。一方、「行政指導」と「命令等を定める行為」は、その根拠が法令にあっても適用除外となります。
地方公共団体は、これらの手続について、行政手続法の規定の趣旨にのっとり、行政運営における公正の確保と透明性の向上を図るため、必要な措置を講ずるよう努めなければなりません（46条）。具体的には、地方公共団体ごとに行政手続条例が定められています。